Urodzona w Poznaniu. Edukację muzyczną rozpoczęła już w dzieciństwie, ucząc się gry na flecie poprzecznym. Po ukończeniu szkoły muzycznej I stopnia, już jako uczennica średniej szkoły muzycznej, równolegle rozwijała umiejętności wokalne, wieńcząc oba kierunki dyplomem. Jest absolwentką Akademii Muzycznej w Poznaniu w klasie śpiewu Krystyny Pakulskiej. Jej rola tytułowa w studenckim przedstawieniu "Siostry Angelici" G. Pucciniego przyniosła propozycję pracy w Teatrze Wielkim w Poznaniu, poza rygorem wstępnych przesłuchań. Zadebiutowała w 2001 roku partią Leonory w "Trubadurze" G. Verdiego. Rok później udany debiut zaowocował propozycją wykonania tytułowej roli Normy w operze V. Belliniego. Magdalena Nowacka do dziś pozostaje solistką Teatru Wielkiego w Poznaniu, specjalizując się w pierwszoplanowych rolach repertuaru liryczno-dramatycznego. Posiada w swoim dorobku znaczącą większość partii verdiowskich przeznaczonych dla spintowego rodzaju głosu, wśród nich: Desdemonę, Elwirę, Aidę, Alicję Ford, Elżbietę, partię sopranową z Requiem, czy też obie Leonory. Oprócz oper G. Verdiego ma w repertuarze dzieła G. Belliniego, G. Pucciniego, G. Bizeta, R. Leoncavalla, L. van Beethovena, K.M. Webbera, P. Czajkowskiego, S. Moniuszki, F. Nowowiejskiego, J.S. Mayra, F. Poulenca, a także W.A. Mozarta. Wzięła udział w licznych tournee poznańskiego Teatru Wielkiego w kraju i za granicą (Niemcy, Francja, Belgia, Luksemburg, Hiszpania, Włochy, Szwajcaria , Ukraina, Argentyna i Urugwaj). W ramach indywidualnej współpracy występowała z zespołem Opery Wrocławskiej we wrocławskiej Hali Ludowej w megaprodukcji "Trubadura" G.Verdiego, w Operze Krakowskiej jako Liza w "Damie Pikowej", a także Tatiana w "Eugeniuszu Onieginie", wielokrotnie w Operze i Filharmonii Podlaskiej m.in. w "Requiem" G. Verdiego,  w Staatstheater Cottbus ("Trubadur") oraz w Buenos Aires w Teatrze La Plata ("Eugeniusz Oniegin"). Jest uczestniczką licznych festiwali m.in. Festivale Nazionale w Citta di Castello, Chanterelle Festival, Festiwal im. A. Didiura, Festiwal Moniuszkowski, Bydgoski Festiwal Operowy, Festival Internacional de Santander, Festival Villa Artis Musicae Willa Decjusza.